Terveydenhuollon järjestäminen kaksiportaiseksi osoittautui periaatteessa oikeaksi. Käytännössä yhteistyö terveyskeskusjärjestelmän ja erikoissairaanhoitojärjestelmän välillä ei kuitenkaan kehittynyt lakien viitoittamalla tavalla. Terveyskeskuksissa esiintyi lisääntyvässä määrin potilasruuhkia ja potilasaineistossa sosiaalilääketieteellisiä ongelmia. Erikoissairaanhoidossa lääketieteen uusien hoitomenetelmien nopea kasvu ja siitä johtuva palvelujen kasvava kysyntä aiheutti jonomuodostusta.

Lain edellyttämä keskussairaaloiden ohjaus ja neuvonta jäi vähälle huomiolle, henkilökunnan jatko- ja täydennyskoulutus jäi monesti puutteelliseksi, ja kansanterveyslain ja erikoissairaanhoitolain edellyttämät ehkäisevät toimet ilman koordinoitua ohjelmaa. Väestöryhmien välillä todettu terveyserojen kasvu, tiedot väestön ikääntymisestä ja terveydenhuollon kasvava henkilöstöpula vaikuttivat osaltaan terveydenhuoltojärjestelmän kriisin kehittymiseen vuosituhannen vaihteessa.

Ongelmien ratkaisemiseksi valtioneuvosto asetti vuonna 2002 työryhmän laatimaan Kansallisen projektin terveydenhuollon tulevaisuuden turvaamiseksi. Projekti sisälsi osioita lääkäri- ja hoitohenkilöstön koulutuksen lisäämiseksi, potilaiden hoitoon pääsyn turvaamiseksi, hoitokäytäntöjen kehittämiseksi ja ammattiryhmien väliseksi työnjaon täsmentämiseksi. Projekti on tuottanut lukuisia työryhmäraportteja ja terveydenhuollon tehostamiseen tähtääviä päätöksiä. Näkyvin ratkaisu on ollut ns. hoitotakuu -järjestelmän kehittäminen, jolla potilaille on pyritty takaamaan oikea-aikainen hoitoon pääsy sekä terveyskeskukseen että erikoissairaanhoitoon. Hoitotakuu on onnistunut pääpiirteittäin hyvin. Vuonna 2002 oli erikoissairaanhoidossa yli 6 kuukautta sairaanhoitoon odottaneita potilaita 66 000, mutta vuoteen 2007 mennessä luku pieneni hoitotakuun ja lisärahoituksen turvin 5 500:een. Perusterveydenhuollossa terveyskeskusten henkilökuntapula on sen sijaan hankaloittanut hoitotakuun toteuttamista. Kansallinen projekti päättyy vuonna 2007.